Поселение возникло при Петре I, переселившем сюда крестьян Боровичского уезда - умелых лоцманов - для проведения судов через пороги. В конце XIX века селения, расположенные у самых больших свирских порогов (Сиговец и Медведец) стали называться Подпорожьем. В 1936 году у города начато строительство Верхнесвирской ГЭС (пущена в 1951 году) и планировка современного (по тому времени) поселка. Участником проектирования застройки Подпорожья был архитектор К. И. Розенштейн
Статус города присвоен в 1956 году, образован из поселка строителей ГЭС и близлежащих деревень (старейшая — Подпорожье).
